土壤消毒是操控土传病害的重要办法之一，
土壤消毒是通过向土壤中施用化学农药，以杀灭其间病菌、线虫及其它有害生物的现象。一般在作物耕种前进行。除施用化学农药外，使用干热或蒸气也可进行
土壤消毒。
损坏、钝化、下降或除掉土壤中所有可能导致动植物感染、中毒或不良效应的微生物、污染物质和毒素的办法和进程。
常用的办法
辐射消毒
以穿透力和能量极强的射线，如钴60的γ射线来灭菌消毒。
化学物质消毒
以活性很强的氧化剂或烷化剂，如环氧乙烷、氧化丙烯、甲醛和活性氯等灭菌，消毒后，应使药剂充沛发出，去除残毒。
药剂消毒
在耕种前后将药剂施入土壤中，意图是避免种子带病和土传病的延伸。
1、喷淋或浇灌法。
将药剂用清水稀释成必定浓度，用喷雾器喷淋于土壤表层，或直接灌溉到土壤中，使药液进入土壤深层，杀死土中病菌。喷淋施药处理土壤适宜于大田、育苗养分土、草坪更新等。浇灌法施药适用于果树、瓜类、茄果类作物的灌溉和各种作物苗床消毒，常用消毒剂有绿亨1号、2号等，防治苗期病害，效果显著。
2、毒土法。
先将药剂配成毒土，然后施用。毒土的制造办法是将农药（乳油、可湿性粉剂）与具有必定湿度的细土按份额混匀制成。毒土的施用办法有沟施、穴施和撒施。
3、熏蒸法。
使用土壤注射器或
土壤消毒机将熏蒸剂注入土壤中，于土壤外表盖上薄膜等覆盖物，在密闭或半密闭的设备中分散，杀死病菌。土壤熏蒸后，待药剂充沛发出后才干耕种，不然，简单发生药害。常用的土壤熏蒸消毒剂有溴甲烷、甲醛等。此办法在设备农业中的草莓、西瓜、蔬菜的培养和苗木的苗床、绿洲草坪栽植等方面均有使用。
4、太阳能消毒。
办法是在温室或田间作物采收后，连根拔除田间老株，多施有机肥料，然后把地翻平整好，在7～8月份，气温达摄氏35度以上时，用通明吸热薄膜覆盖好，土温度可升至摄氏50～60度，密闭15～20天，可杀死土壤中的各种病菌。
这一办法适合在我国北方地区比年培养草莓、西瓜、花卉的大棚温室里使用。 蒸汽热消毒 蒸汽热消毒土壤，是用蒸汽锅炉加热，通过导管把蒸汽热能送到土壤中，使土壤温度升高，杀死病原菌，以到达防治土传病害的意图。这种消毒办法要求设备比较复杂，只适合经济价值较高的作物，并在苗床上小面积施用。
暴晒消毒
暴晒
土壤消毒灭菌，对小花圃及业余花卉培养爱好者来说，是既经济又便利、且行之有效的消毒灭菌办法。操作办法是，于夏日将土壤均匀平铺在水泥地上或其它硬质地上上暴晒至干透。夏日直射光照下的硬地上温度可达60℃以上，最高可达75℃，一些病原菌类及土壤中的害虫的若虫及成虫和其它动物的幼体，现已发芽或即将发芽的杂草种子均能被杀死，别的还能使蛞蝓、蜗牛等爆裂，使蚯蚓、蛴蜡、鼠妇、马陆等干死。
暴晒中如能喷洒一遍50%多茵灵可湿性粉剂，或65%代森锌可湿性粉剂500～600 倍液，加50%辛硫磷乳油或40%氧化乐果乳油1000倍液，随喷洒随翻拌，主导或辅佐杀虫灭菌则更好。暴晒消毒灭菌适用于所有盆栽花卉的土壤。
